三门县因濒临三门湾，县以湾定名。据民国《三门年鉴》记载：“惟三门县之名称，因该处地滨三门湾而定，而三门湾则因该湾有三门山而名。”又据民国26年（1937年）浙江省建设厅调查报告称：“南田与象南半岛之间有港曰‘箬鱼洋’，其西口入湾处二山并峙，中流划水为三，故有三门湾之名。”二山即坦塘岛与高塘岛之间的三门山列岛之饭甑山岛、庵山岛，二岛矗立，形成航门三条，故名三门湾。
三门历史沿革
夏、商、周为瓯越地。春秋为越国地。战国为东越地，隶属楚国，秦为东越地，隶属闽中郡。
西汉始元二年（前85年），以东瓯地建回浦县，治章安，时为回浦县地，属会稽郡
东汉光武时（25-57年），改回浦县为章安县，时为章安县地。
三国吴大帝时（222-252年），分章安县西部分境域，置临海县，三门为临海县境地，属会稽郡，隶扬州。
三国吴太平二年（257年），分会稽郡东部置临海郡，时属临海郡，隶扬州。
晋太康元年（280年），分鄞县八百户，临海县安北乡二百户，置宁海县，时三门分属临海、宁海两县，属临海郡。
隋开皇九年（589），撤宁海县并入临海县，属处州。今三门为临海县地。
炀帝大业元年（605），时三门为临海县地，属永嘉郡。
唐武德四年（621）,分临海县，复置宁海县，治海游。
武德七年(624)，废宁海县并入章安县。
武德八年（625）又废章安县，并入临海县，时为临海县地，属台州。
唐永昌元年（689），分临海县东北部置宁海县，治广度里（今宁海县城），时三门又分为临海、宁海两县地，属台州。
宋、元、明、清，均分属临海、宁海两县。民国初时，三门仍分属临海、宁海两县。
民国元年(1912)，分象山县地设南田县，治樊岙，县以主岛南田岛命名。
民国29年（1940）7月1日，撤销南田县，以其全部区域6个乡镇，并划宁海县东南18个乡镇及临海县东北隅5个乡，设置三门县，隶属第7行政督察区。县治初设健康塘，9月移海游。
1949年2月17日，浙东人民解放军第二游击纵队配合地方武装，解放三门县城海游镇及亭旁镇，同日成立中共三门县委和三门县人民政府，为浙江省第一个解放的县。
1954年5月26日，撤销台州专区，三门县划归宁波专区管辖。
1957年7月13日，恢复台州专区建制，三门县回属。
1958年10月4日，三门县建制撤销，原三门县辖区并入临海县。撤销台州专区，改属温州专区。
1962年6月4日，国务院批准恢复台州专区（驻临海）及三门县建制，属台州专区。
1970年1月，成立台州地区革命委员会，三门县属之。
1978年9月，改置台州地区行政公署，三门县属之。
1983年5月，宁海县沙柳公社划归三门县管辖。
1994年8月22日，国务院批准撤销台州地区设立台州市（地级）。三门县隶属台州市。
2001年11月县委、县政府根据机构精简的精神，撤销原坝头乡、中门乡，并入亭旁镇，全县共设置10 个镇、4个乡（共8个居委会、511个行政村）。它们是：海游镇、珠岙镇、沙柳镇、亭旁镇、六敖镇、健跳镇、横渡镇、浬浦镇、小雄镇、花桥镇、高枧乡、沿赤乡、泗淋乡、蛇盘乡。海游镇为全县的政治、经济、文化中心。
2013年11月15日，浙江省人民政府正式批复台州市《关于要求调整三门县部分乡镇行政区划的请示》。2013年11月18日，台州市人民政府正式批复三门县《关于要求调整三门县乡镇行政区划的请示》。调整后，三门县辖区由原先的10镇4乡变为6镇1乡3街道。
现三门县辖3个街道，6个镇，1个乡：海游街道、海润街道、沙柳街道、珠岙镇、亭旁镇、健跳镇、浦坝港镇、横渡镇、花桥镇、蛇蟠乡。
